El Caballo domestico representa el eslabón final de una larga cadena evolutiva con estrechos parentescos del reino animal en el orden de los perisodáctilos los caballos han estado relacionados con los tapires y rinocerontes. Los caballos se han desarrollado durante 50 millones de años a partir de pequeños animales de dimensiones de un perro mediano, hasta llegar a los veloces corredores de las estepas mayores de dimensiones actuales.
Al culminar éste proceso se domesticó el caballo por el hombre mediante el cautiverio y la selección artificial hasta obtener diferentes formas, coloraciones y marcas de distinción blanca.
Los hombres de la edad de piedra, que vivieron en el continente Europeo en la época remota, conocieron los caballos. Los mataron para alimentarse sin pensar en domesticarlos y usarlos como montura y con otros fines. Sabemos el aspecto de aquellos animales, porque los artistas prehistóricos los reprodujeron en las paredes de las cavernas: eran de miembros pesados y crines encrespadas.
Se cree que los caballos salvajes europeos fueron domados y domesticados al inicio del tercer milenio a.C. en las estepas rusas, y que la subespecie más pequeña, el tarpán, se volvió así el fundador de la familia del caballo domestico, al menos de esta área de distribución.
En la base del árbol genealógico esta el Hyracotherium, que vivía en las florestas pantanosas de América septentrional y de Europa aproximadamente hace 50 millones de años. Su dentadura estaba formada por dientes cortos tuberosos, que permitían sólo masticar aplastando el alimento, sólo aptos para comer plantas suaves y jugosas.
El ojo estaba situado aproximadamente a la mitad de cráneo alargado, y el cerebro, relativamente pequeño, tenía una estructura primitiva.
Estos caballitos primitivos tenían tres dedos en las patas posteriores y cuatro en las inferiores.
En el estado siguiente de la evolución se encuentra el Orohippus, que continua la llamada rama principal en el Eoceno medio y no muestra todavía ninguna diferencia no notable de Hyracotherium.
En el oligoceno, hace 30 millones de años, vivía el Mesohippus, ya de dimensiones mucho mayores y con dedos muy torcidos.
Con Merychippus y la llegada del mioceno, hace 10 millones de años, no sólo cambian las dimensiones de los antepasados del caballo a lo largo de la rama principal, sino que también el cerebro sufre un cambio con la creación de nuevos surcos y se vuelve por primera vez equino.
En éste periodo, además, los dientes con corona baja se transformaron improvisadamente en Merychippus en molares con corona alta, y se puede pensar que esto se debió al paso de una alimentación a base de hojas de gramíneas.
